Il territorio di Marcheno fu abitato in tempi antichi. Lo dimostrano dei reperti individuati nel 1975, in località Rocca, sulla sponda sinistra del fiume Mella tra il capoluogo e Brozzo che risalivano alla prima età del ferro tra l'VIII e il VII secolo avanti Cristo. Gli stessi insediamenti furono abitati anche in epoca romana.Dopo la caduta dell'impero romano, Marcheno si trovò sotto la giurisdizione della Pieve di S. Giorgio di Inzino, da cui ottenne l'autonomia verso la fine del XIV secolo.

In quel secolo e in quello successivo era Aleno il centro del Comune, come testimoniano un estimo delle quadre del teriitorio bresciano del 1389 e un codice malatestiano del 1418. Nei decenni successivi la frazione di fondovalle divenne fondamentale sia dal punto di vista amministrativo (Comune), sia religioso (Parrocchia). L'organizzazione amministrativa napoleonica sancì la fusione del Comune di Cesovo con quello di Brozzo e la separazione di Brozzo e Marcheno in due Distretti diversi. Nel periodo della dominazione austriaca i due Comuni tornarono a far parte dello stesso Distretto (quello di Gardone), ma furono nuovamente inseriti in mandamenti diversi dopo l'unificazione italiana. Nel 1927 la definitiva unificazione in uno stesso Comune.